Liên tục đối đầu trọng tài ở Thổ Nhĩ Kỳ, trong giai đoạn dẫn dắt Fenerbahce. Sau trận đấu Trabzonspor ngày 3/11/2024, nơi hai quả phạt đền của đối phương đều đến sau sự can thiệp của VAR, Mourinho đặc biệt công kích trọng tài VAR Atilla Karaoglan, đồng thời phàn nàn về tình huống Bright Osayi-Samuel không được hưởng phạt. Ông còn nói giải VĐQG Thổ Nhĩ Kỳ “có mùi” và đặt vấn đề về chất lượng cũng như cung cách điều hành trọng tài.
LĐBĐ Thổ Nhĩ Kỳ TFF kết luận những phát biểu của Mourinho trái với tinh thần thể thao/fair-play, làm tổn hại uy tín TFF và có tính chất quy kết thiếu căn cứ đối với các trọng tài. Ông sau đó nhận án cấm vào phòng thay đồ và khu kỹ thuật một trận, cùng 13.000 USD tiền phạt.
Đến ngày 24/2/2025, sau trận Fenerbahce hòa Galatasaray 0-0, Mourinho khen ngợi trọng tài người Slovenia Slavko Vinciv, nhưng tiếp tục chỉ trích giới trọng tài Thổ Nhĩ Kỳ. TFF cho rằng một phần phát biểu của ông mang tính xúc phạm đối với trọng tài và một phần cáo buộc bóng đá Thổ Nhĩ Kỳ rơi vào tình trạng “hỗn độn và thiếu tổ chức”.